Значительную известность получил главный труд Филарета «История Русской Церкви» (доведённый до 1826 года), вышедший в пяти выпусках в Риге и в Москве в 1847—1848 и выдержавший множество переизданий. Автор предложил принципиально новую периодизацию русской церковной истории, разделив её на пять периодов: от начала христианства в России до нашествия монголов (988—1237); от нашествия монголов до разделения русской митрополии (1237—1410); от разделения митрополии до учреждения патриаршества (1410—1588); период Патриаршества (1589—1720); синодальное управление (1721—1826). В сокращённом виде он впервые был издан в 1859 и потом, как учебник, выдержал множество переизданий.По мнению протоиерея Георгия Флоровского (считавшего владыку Филарета человеком «исключительных дарований, с беспокойной мыслью и тревожным сердцем»), в этом труде «впервые вся русская церковная история была рассказана и показана как живое целое, рассказана ясно и вдумчиво». Профессор Антон Карташёв считал, что «настоящую учёную историю Русской Церкви мы имеем со времени выхода в свет „Истории Русской Церкви“ архиепископа Филарета». Воспроизведено в оригинальной авторской орфографии издания 1848 года (издательство "Въ типографiи В. Готье."). Это и многое другое вы найдете в книге История русской церкви в пяти томах. Том 4 (Филарет архиепископ)